医院设有39个临床科室、15个医技科室和22个行政后勤职能科室。拥有重庆市区域医学重点学科1个（心血管内科），市级特色专科2个（肿瘤科、泌尿外科），市级临床重点专科5个（儿科、妇产科、普外科、肿瘤科、重症医学科），在建市级临床重点专科5个（泌尿外科、临床护理、血液内科、急诊医学科、内分泌科），县级重点专科24个，县级质量控制中心16个。医院先后成立了“王健平专家工作室”、齐鲁医派聊城市“成无己经方流派传承工作室”，让老百姓在“家门口看名医”变成了现实。
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